Do là nước bao quanh bởi biển nên Nhật Bản đã chú trọng phát triển các loại tên lửa chống tàu như một cách để phòng thủ. Trước đây tên lửa không đối hạm Shiki 80 đã được phát triển để đề phòng Hạm đội Thái Bình Dương của Liên Xô từ những năm 1980 và Shiki 93 được phát triển như một bổ sung.

Viện nghiên cứu kỹ thuật và Phát triển trực thuộc bộ quốc phòng Nhật Bản (khi đó là Cục Phòng vệ Nhật Bản) đã tiến hành nghiên cứu loại tên lửa này từ năm 1984 sau đó chuyển sang cho Tập đoàn công nghiệp nặng Mitsubishi vào năm 1988. Hệ thống tìm kiếm cảm ứng hồng ngoại được giao cho hãng Fujitsu phát triển. Việc thử nghiệm loại tên lửa mới bắt đầu từ năm 1989. Mục tiêu chính của chương trình là tăng khả năng tìm kiếm và lựa chọn mục tiêu tầm xa để phân biệt được các mục tiêu quan trọng cũng như tránh bị đánh lạc hướng điện tử.

Sau khi hoàn tất việc thử nghiệm thì tên lửa đã được thông qua để đưa vào phục vụ trong lực lượng phòng vệ Nhật Bản từ năm 1993 vì thế nó có tên Shiki 93 với tốc độ trang bị ước tính là 15 quả/năm. Cũng giống như hầu hết các loại vũ khí hiện đại khác của Nhật Bản nó không bao giờ được xuất khẩu.